Systemy specjalistyczne są to systemy informatyczne przygotowane specjalnie pod procesy zachodzące w firmie w celu ich zoptymalizowania a przez to zwiększenia zysków, wydajności oraz uproszczeniu pracy.

W wielu przedsiębiorstwach możliwe jest zastosowanie gotowych systemów dostępnych na rynku jednak w celu osiągnięcia lepszych efektów często wymagane jest utworzenie systemu specjalnie pod potrzeby klienta. Projekt rozpoczyna się od analizy obecnego stanu przedsiębiorstwa, procesów w nim zachodzących oraz wymagań co do systemu. Następnie przygotowywane jest rozwiązanie w postaci systemu informatycznego spełniającego wymagania klienta. Projekt nie kończy się jednak na wdrożeniu rozwiązania. Dane zebrane podczas pracy systemu oraz od użytkowników pozwalają na jego dalsze udoskonalanie, tak aby dostosowywał się do ciągle zmieniających się warunków panujących w firmie i na rynku.

Przykładami systemów specjalistycznych są systemy do zarządzania dokumentami (DMS - Document Management System), systemy planowania zasobów przedsiębiorstwa (ERP - Enterprise Resource Planning) czy systemy do zarządzania relacjami z klientem (CRM - Customer Relationship Management).